Сделав с помощью Талейрана своего брата Жозефа дипломатическим представителем Франции в Риме, Бонапарт, по-видимому, видел в этом дополнительную гарантиию того, что в отношениях Франции с папой в ближайшем будущем не возникнет каких-либо недоразумений. В пользу этой версии говорит уже тот факт, что Жозефина гостила в Риме у четы Бонапарт до середины декабря. Возможно, Бонапарт не успел или не счел нужным снабдить старшего брата подробной инструкцией на случай неожиданного демарша со стороны папы, которому он в конце лета отправил сочувственное послание с пожеланием скорого выздоровления и предложением найти путь к восстановлению отношений между папой и Францией, что, как показали события в Раштатте, было бы в интересах папы. Весьма вероятно, что начавшиеся в Риме беспорядки были тщательно подготовлены заинтересованными сторонами – от эмигрантов до парижских радикалов. Скорее всего, Жозеф растерялся и, поскольку брата в Италии не было, обратился за советом и помощью к генералу Дюфо, командовавшему национальной гвардией Генуэзской республики и находившемуся в это время в Риме в связи с предстоящей женитьбой на Дезире Клари, сестре жены Жозефа. Так или иначе, события в Риме вышли из-под контроля французского представителя, а генерал Дюфо был убит во время случившихся беспорядков. 10 февраля 1798г., когда Бонапарт осматривал побережье Па-де-Кале и Ла-Манша в связи с предполагаемой операцией вторжения в Англию, Бертье, исполняя давнее заветное желание Директории, ввел войска в Рим и упразднил как светскую власть папы, так и сам институт папства, провозгласив Римскую республику и запретив кардиналам выбирать папе преемника. У Пия VI отняли все деньги, сняли с пальцев перстни и отпустили в Сиену как частное лицо, затем снова арестовали и увезли во Францию, где он и умер в плену два года спустя. Вернувшись из инспекционной поездки, когда уже поздно было пытаться что-либо исправить, Бонапарт выразил торжествующим директорам сомнение в том, что случившееся пойдет на пользу интересам Франции. Инспекционная поездка окончательно убедила Бонапарта в сомнительности его роли командующего армией вторжения. Даже если бы вдруг нашлись сто миллионов франков, необходимых для снаряжения флота, способного переправить через Ла-Манш 150-тысячную армию, в том положении внутренней и внешней изоляции, в которое поставила себя исполнительная власть Французской республики по отношению к французскому обществу и ведущим европейским державам, перспективы проведения в ближайшем будущем крупномасштабной десантной операции становились совершенно туманными. Бонапарту нечем было себя занять, он стал раздражителен и несдержан, и отношения его с Директорией от этого никак не улучшились. Однажды во время заседания директоров, на котором обсуждалась европейская политика, Бонапарт, приглашенный в качестве эксперта, в очередной раз вспылил и, как в прежние времена, пригрозил своей отставкой, которая едва не была тут же принята по предложению Ребеля. «Поверьте доброму моему совету. Уезжайте как можно скорей из Франции»,- посоветовал Бонапарту Баррас вскоре после этого случая. Талейран присоединился к его совету: он не мог пройти мимо удачной возможности претворить в жизнь свой проект создания новых заморских колоний. Директора не возражали: французский консул в Каире давно и неоднократно предлагал организовать нападение на заморские владения англичан, а нелюбовь директоров к Англии уступала разве что их нелюбви к папе. 5 марта на секретном совещании состоялось назначение Бонапарта командующим Египетской экспедицией. За время его отсутствия во Франции Талейран брался подготовить почву для его триумфального возвращения. Итальянская кампания выковала из Бонапарта великого человека. Наполеоном его сделал Талейран.